Sergi Beltrán Agulló
Jefe de la Unidad de Bioinformática y del Equipo de Análisis de Datos del Centro Nacional de Análisis Genómico (CNAG-CRG)
¿Cuál es la misión y la visión del Centro Nacional de Análisis Genómico (CNAG-CRG)?
SB: El Centro Nacional de Análisis Genómico (CNAG) está integrado dentro del Centro de Regulación Genómica. Ambos están ubicados en Barcelona. La misión del CNAG es llevar a cabo proyectos en análisis genómico que comporten avances significativos en la salud de la gente y en su calidad de vida. Esto lo hacemos en colaboración con las comunidades científicas y clínicas a nivel catalán, español, europeo e internacional. Por su parte, la visión del CNAG es ser un centro de secuenciación de alta calidad y ser una referencia mundial en el análisis genómico.
Tenéis varios proyectos en activo, como el Screen4Care para acortar el camino hacia el diagnóstico de enfermedades raras mediante el uso de pruebas genéticas para recién nacidos y tecnologías digitales. ¿Nos podría comentar en qué consiste?
SB: En el CNAG participamos en varios proyectos a nivel internacional, europeo y nacional para el diagnóstico de enfermedades raras. Los más relevantes a nivel europeo son el proyecto Solving the Unsolved Rare Diseases (SOLVE-RD), el proyecto European Joint Programme on Rare Diseases (EJP RD) y, más recientemente, el proyecto Screen4Care.
El proyecto SOLVE-RD tiene por objetivo diagnosticar y solventar las enfermedades raras en Europa. Para esto trabajamos conjuntamente con seis redes de referencia europeas con el fin de coleccionar datos de exoma y genoma que ya existen y que de momento no han ayudado a dar un diagnóstico, pero que pueden tener otra oportunidad de reanálisis para llegar a un diagnóstico. Además, también estamos generando datos genómicos y ómicos de muchos pacientes no diagnosticados con enfermedades raras.
En el proyecto EJP RD, estamos creando una plataforma virtual donde conectamos plataformas de distintos recursos que hay en Europa y que pueden ser útiles para la investigación en enfermedades raras. Esto incluye registros de pacientes, biobancos, plataformas de análisis, archivos de datos genómicos y recursos sobre modelos animales, como ratones o incluso líneas celulares.
Por su parte, el proyecto Screen4Care se inició más recientemente, con el objetivo de establecer los mecanismos para el screening o cribaje neonatal. En este proyecto vamos a hacer la secuenciación en paneles de genes de bebés recién nacidos que en principio no tienen por qué mostrar ningún síntoma de enfermedad rara. Para aquellos recién nacidos que sí muestren síntomas, vamos a secuenciar su genoma entero para ayudar en el menor tiempo posible al diagnóstico genético de estas enfermedades.
Quizás el proyecto más relevante ahora mismo en España en medicina personalizada es el proyecto de Infraestructura de Medicina de Precisión asociada a la Ciencia y Tecnología (IMPaCT) que de hecho son un conjunto de proyectos en los que participamos directamente, tanto en IMPaCT Genómica como en IMPaCT Datos. En este proyecto secuenciamos específicamente genomas de pacientes con enfermedades raras y vamos a promover también dentro de IMPaCT Data sistemas para manejar estos datos y reutilizarlos para la investigación clínica. La aportación del CNAG a IMPaCT Data se soporta en proyectos anteriores del ISCIII, y en otros proyectos como URD-Cat en Catalunña, que ahora también sirve de fuente para iGenCO, un proyecto que tenemos de la Marató de TV3 donde estamos dando también una segunda oportunidad a estos datos y los estamos integrando con datos que provienen de la red CIBER de Enfermedades Raras (CIBERER).
¿De qué trata la plataforma que diagnostica enfermedades raras y cómo funciona? ¿Cuántos diagnósticos se han realizado hasta el día de hoy con esta plataforma?
SB: Hace unos 7 u 8 años, dentro de un proyecto europeo que se llamaba RD-Connect, empezamos a desarrollar una plataforma llamada RD-Connect GPAP. Este sistema permite recolectar datos ómicos y genómicos de pacientes y familiares con enfermedades raras con estándares como la Human Phenotype Ontology o la Orphanet Rare Disease Ontology (ORDO). Lo que hace el sistema es integrar estos datos fenotípicos, clínicos y genómicos y facilitar el análisis y su interpretación. Además, permite que se compartan datos y se hagan análisis e interpretaciones colaborativas dentro de este entorno, lo que facilita mucho el diagnóstico de las enfermedades raras.
Inicialmente, el sistema se desarrolló dentro del proyecto RD-Connect y a posteriori hemos recibido también fondos de ELIXIR, que es la infraestructura europea de bioinformática a través de pequeños proyectos que nos han ayudado a hacer ciertos desarrollos
También, tenemos mecanismos que permiten hacer en pocos minutos una reevaluación de los datos genómicos en función de los nuevos hallazgos que tengamos disponibles en la literatura desde la última vez que se analizaron los datos. Para este sistema tenemos la instalación principal, la RD-Connect GPAP que tiene actualmente cerca de 30.000 datos de pacientes y familiares, y tenemos también instalaciones locales como la de URD-Cat donde tenemos más de 1.500 perfiles también genéticos, de pacientes y familiares del territorio español.
Es difícil decir un número exacto de diagnósticos realizados gracias a la plataforma porque nuestros datos están seudonimizados y no tenemos acceso directo al paciente ni al diagnóstico final. Solamente conocemos aquellos diagnósticos para los cuales de algún modo el clínico nos ha confirmado que finalmente se ha llegado a una resolución gracias al sistema. Pero estimamos que estaremos alrededor de los 2.000 casos diagnosticados o quizás más, gracias al sistema en sus distintas versiones, ya sea RD-Connect, URDCat o incluso la plataforma en la que colaboramos con la comunidad de Navarra.
¿Cuenta el CNAG-CRG con fondos europeos para otros proyectos? ¿En qué medida han apoyado el proyecto?
SB: Hemos contado con fondos europeos para distintos proyectos. Inicialmente, el sistema se desarrolló dentro del proyecto RD-Connect y, a posteriori hemos recibido también fondos de ELIXIR, que es la infraestructura europea de bioinformática a través de pequeños proyectos que nos han podido ayudar a hacer ciertos desarrollos.
Luego, a nivel de grandes proyectos, tenemos el proyecto Solve-RD, enfocado al diagnóstico y a encontrar nuevos genes; el proyecto EJP-RD, encargado de desarrollar una infraestructura bioinformática a nivel europeo conectando distintas plataformas y recursos para hacer una plataforma virtual; y, ahora, hemos empezado a trabajar dentro del proyecto Screen4Care para el cribaje neonatal.
Otro de los proyectos en los que estamos trabajando, muy de futuro, es el proyecto GenoMed4ALL, donde estamos trabajando con enfermedades de la sangre para aplicar la inteligencia artificial a nivel federado. Es decir, en vez de tener que recolectar datos de manera central, lo que estamos intentando hacer es enviar los análisis a distintos nodos que puedan tener sus datos almacenados para luego recolectar los resultados de esos análisis e intentar aprender algo más sobre esta información que nos ayude en la investigación.
¿Cómo valora la aportación de fondos europeos prometidos para los próximos años? ¿En qué medida cree que pueden ayudar a resolver las necesidades no cubiertas de las enfermedades raras?
SB: En general, hemos recibido una buena financiación de la Unión Europea. Siempre podría haber más porque hay muchos enfermos que padecen una enfermedad minoritaria, con lo cual nunca hay suficiente financiación y siempre se podrían hacer más proyectos. Pero, en general, en nuestro grupo estamos muy agradecidos por los distintos fondos que hemos recibido.
En algunos casos, existe la figura de la cofinanciación y eso puede dificultar el acceso a estos fondos, al tener que aportar una cofinanciación de otra parte.
Hasta donde yo sé, en los próximos años, una vez se termine el EJP RD puede ser que haya fondos dedicados para un European Partnership en Enfermedades Raras. Entiendo que hay algunos fondos comprometidos tanto desde la Unión Europea como desde los países miembros para hacer frente a las enfermedades raras. Las aportaciones nunca serán suficientes porque mientras haya algún paciente no diagnosticado y algún paciente al que no se le pueda dar un tratamiento, siempre harán falta más recursos y más investigación.
